命令 1：head
用途：显示文件头
实例 1：head 209hba.list
含义：显示文件 209hba.list 中前 10 行内容
实例 2 head –n 20 209hba.list
含义：显示文件 209hba.list 中前 20 行内容
命令 2：tail
用途：显示文件尾
实例 1：tail 209hba.list
含义：显示文件 209hba.list 中最后 10 行内容
实例 2：tail –5 209hba.list
含义：显示文件 209hba.list 中最后 5 行内容
命令 3：cut
用途：按字段提取表格类文件信息
实例 1：cut –f 1 209hba.list
含义：提取文件 209hba.list 中第 1 字段信息，各字段间按制表键分隔
实例 2：cut –f 1,3 209hba.list
含义：提取文件 209hba.list 中第 1、3 字段信息，各字段间按制表键分隔
实例 3：cut –d ’ ’ –f 3- taxon.list
含义：提取文件 taxon.list 中第 3 字段开始所有各字段信息，各字段间按空格分隔
命令 4：paste
用途：按字段合并表格类文件信息
实例 1：paste 209hba.id 209hba.ac
含义：将文件 209hba.id 和 209hba.ac 按字段逐行合并，个字段间以制表键分隔
命令 5：diff
用途：显示文件差异
实例 1：diff 10hba.id 10hbb.id
含义：逐行显示文件 10hba.id 和 10hbb.id 差别
命令 6：wc
用途：计数
实例 1：wc hba.list
含义：统计并显示文件 hba.list 中行数、字段数和字符数
实例 2：ls | wc
含义：统计并显示当前目录下文件数
命令 7：sort
用途：排序
实例 1：sort hba_taxon.list
含义：将文件 hba_taxon.list 按字母表顺序排序
实例 2：sort –k 3 hba_taxon.list
含义：以第 3 字段为关键词，将文件 taxon.list 按字母表顺序排序
命令 8：uniq
用途：归并
实例 1：uniq hba_hbb.id
含义：归并已排序文件 hba_hbb.id 中相同行，若有重复行，只显示一次
实例 2：uniq –d hba_hbb.id
含义：归并已排序文件 hba_hbb.id 中相同行，只显示有重复的行
实例 3：uniq –u hba_hbb.id
含义：归并已排序文件 hba_hbb.id 中相同行，只显示没有重复的行
命令 9：grep
用途：字串匹配
实例 1：grep “>” sars.fasta
含义：检索并显示文件 sars.fasta 中以大于号”>”起始的注释行
实例 2：grep “Primate” 209hba.list
含义：检索并显示文件 209hba.list 中含单词”Primate”的行，区分大小写
命令 10：sed
用途：字串替换
实例 1：sed ‘s/Hemoglobin alpha chain/HBA/g’ 209hba.fasta
含义：将文件 209hba.fasta 中“Hemoglobin alpha chain”替换成“HBA”
实例 2：sed ‘s/HBA_//g’ 209hba.id
含义：将文件 209hba.id 中“HBA_”删除
实例 3：sed ‘s/NNNNN/N/g’ seq1
含义：将文件 seq1 中连续 5 个字母“N”替换成 1 个“N”
| No | 命令 | 功能 | 实例 |
|---|---|---|---|
| 1 | head | 头 | head 209hba.list; head –n 20 209hba.list |
| 2 | tail | 尾 | tail 209hba.list; tail –n 5 209hba.list |
| 3 | cut | 剪接 | cut –f 1,3 209hba.list; cut –d ’ ’ –f 3- taxon.list |
| 4 | paste | 合并 | paste 209hba.id 209hba.ac |
| 5 | diff | 差异 | diff 10hba.id 10hbb.id |
| 6 | wc | 计数 | wc hba.list; ls |
| 7 | sort | 排序 | sort hba_taxon.list; sort –k 3 hba_taxon.list |
| 8 | uniq | 归并 | uniq hba_hbb.id; uniq –u hba_hbb.id; uniq –d hba_hbb.id |
| 9 | grep | 匹配 | grep “>” sars10.fasta; grep “Primate” 209hba.list |
| 10 | Sed | 替换 | sed ‘s/HBA_//g’ 209hba.id; sed ‘s/NNNNN/N/g’ seq1 |
