命令 1：mkdir
用途：创建目录
实例 1：mkdir do
含义：在当前目录下创建名为 do 的子目录
实例 2：mkdir do/align
含义：在子目录 do 下创建名为 align 的子目录（子目录 do 已经存在）
实例 3：mkdir –p hba/tree
含义：在当前目录下创建名为 hba 的子目录，并在子目录 hba 下创建名为 tree 的子目录
命令 2：rmdir
用途：删除目录
实例 1：rmdir tmp
含义：删除当前目录下名为 tmp 的子目录，该子目录中没有文件和子目录
命令 3：cd
用途：改变目录
实例 1：cd
含义：回到用户主目录，即登录时进入的目录
实例 2：cd do
含义：进入子目录 do
实例 3：cd ..
含义：回到上级目录
实例 4：cd hba/tree
含义：直接进入子目录 hba 下的 tree 子目录
实例 5：cd ../do/align
含义：进入上级目录 do 下的 align 子目录
命令 4：ls
用途：显示文件或目录
实例 1：ls
含义：显示当前目录下子目录和文件名
实例 2：ls -l
含义：显示当前目录下子目录和文件名详细信息，包括属性、权限、大小和创建日期等
实例 3：ls *.fasta
含义：显示当前目录下所有以.fasta 结尾的文件
实例 4：ls hba/hba_*
含义：显示子目录 hba 下所有以 hba_起始的文件
实例 5：ls /tmp
含义：显示/tmp 目录所有子目录和文件
实例 6：ls –lR
含义：逐级显示当前目录及子目录下所有子目录和文件
命令 5：cat
用途：显示或编辑文本文件
实例 1：cat > cat1
含义：往 cat1 中逐行输入文本，用 Ctrl-D 结束输入
实例 2：cat >> cat1
含义：往 cat1 中逐行追加文本，用 Ctrl-D 结束输入
实例 3：cat cat1
含义：显示文本文件 cat1 中的内容
命令 6：less
用途：显示文件内容
实例 1：less 209hba.list
含义：逐屏显示文件 209hba.list 内容，回车进一行，空格进一页，q 终止显示
命令 7：cp
用途：复制文件
实例 1：cp seq1 seq2
含义：将文件 seq1 复制到文件 seq2 中，保留 seq1
实例 2：cp *.fasta ../keep/
含义：将所有文件名以.fasta 结尾的文件复制到上级目录的 keep 子目录中
实例 3：cp ../seq/hba_human.sw .
含义：将上级目录的 seq 子目录中名为 hba_human.sw 的文件复制到当前目录中
实例 4：cp /tmp/tf/zmtf-pep.fasta blast/
含义：将/tmp 目录中 tf 子目录中名为 zmtf-pep.fasta 的文件复制到当前目录中名为blast 的子目录中
命令 8：mv
用途：更改文件名
实例 1：mv seq1 seq2
含义：将文件 seq1 改名为 seq2，不保留 seq1
实例 2：mv hba_human.fasta pku08s1/hba
含义：将当前目录下文件 hba_human.fasta 移到子目录 pku08s1 下的子目录hba 中
命令 9：rm
用途：删除文件或目录
实例 1：rm seq2
含义：删除文件 seq2
实例 2：rm *.txt
含义：删除所有以.txt 结尾的文件
实例 3：rm –r temp/*
含义：删除子目录 temp 下所有子目录和文件，保留该目录
实例 4：rm –r temp
含义：删除子目录 temp 和该目录下所有子目录和文件
命令 10：chmod
用途：改变文件或目录权限
实例 1：chmod –w ppf1.fas
含义：取消所有用户对 ppf1.fas 的写权限
实例 2：chmod +w seq1
含义：将当前目录下 seq1 设置为本用户可写，其他用户权限不变
实例 3：chmod -w keep/
含义：取消子目录 keep 写权限，不能在该目录下创建和删除文件或子目录
实例 4：chmod 755 bin/*
含义：将子目录 bin 下所有文件设置为本用户可读可写可执行，其它用户可读可执行
| No | 命令 | 功能 | 实例 |
|---|---|---|---|
| 1 | mkdir | 创建目录 | mkdir do; mkdir do/align; mkdir –p blast/hba/209 |
| 2 | rmdir | 删除目录 | rmdir tmp |
| 3 | cd | 改变目录 | cd do; cd ..; cd ../do/tree/7hba |
| 4 | ls | 显示文件信息 | ls -l; ls *.fasta; ls /tmp/seq; ls –lR |
| 5 | cat | 编辑文件 | cat seq1; cat > seq1; cat >> seq1 |
| 6 | less | 显示文件内容 | more myseq |
| 7 | cp | 复制文件 | cp seq1 seq2; cp ../seq/hba_human.sw .; cp *.fasta ../keep/ |
| 8 | mv | 更改文件名 | mv seq1 seq2 |
| 9 | rm | 删除文件 | rm seq2; rm *.txt; rm –rf tmp |
| 10 | chmod | 改变权限 | chmod –w seq1.fasta; chmod 755 * |
